草创时期
中華學校即是在這種歷史條件下于1918年02月17日創辦。當時的福建籍僑領陳明進在其下屬史鑒秋的建議下，開始考慮在哥打巴汝創辦學校。史鑒秋早年曾在中國的故鄉辦學，南來吉蘭丹后,有感于哥打巴汝華人人口不斷增加，然而卻沒有一所符合時代需求的新式學校來栽培華族子弟。因為這個建議，史鑒秋受邀在中華商會的一場演說中陳述創校辦學的重要性，得到了當時哥打巴汝華人社會領袖的認同。
在得到熱心家黃玉齋、葉元遜、符宏昌、黃三春和陳明進等十余人的支持下，遂發起創辦學校，定名為育德學校，校址位于今天的督哈金路（ Jalan Tok Hakim ）電火局員工俱樂部正對面的椰園內（即現吉蘭丹旅社所在地）。
學校創辦初期，公推福建籍陳明進、廣東籍楊恩甫、海南籍符岱雲和潮州籍辛照雲四位為總理，黃玉齋、洪潤杭二位為財政。
創校初期，學校的經濟來源，全靠熱心家的月捐和商家的貨捐維持，學童則免費入學。學校開辦時，有教師二人，男女學生八十余名，同在一個校園上課，首任校長是陳松元。陳氏乃因學生的管教問題與董事產生意見憤而辭卸校長職，由答眉( Tabai )中華崇德學校轉來。
由于學校設在哥打巴汝市中心，對人口眾多的唐人坡而言，在交通方面無疑的增加了諸多的不便。加上當時育德學校內部發生了財務上的糾紛以及幫派紛爭，福建幫遂有在唐人坡另外創辦一所學校的決定。在黃玉齋、陳元泰、黃三春、紀經麟、高芋匏、王秉章等人的發起下，在唐人坡設立了欲正學校，以方便附近一帶的學童上課。這所欲正學校的校址即設在今唐人坡斗母宮斜對面的大路轉彎處。
1918年08月24日，欲正學校開學，公推陳明進和黃玉齋為正副總理，黃三春為財政。和育德一樣，經費來源全靠月捐和貨捐維持，學費全免。創辦之初，有三十余名學生，聘黃樂天為教師，以福建話為教學媒介語；不久由于學生人數的增加，另增聘一名教師。
自此以后，育德、欲正二校分立，在學業上互相觀摩競爭。校務亦與日俱進，學生各增至一百余名。育德學校由于女生的增多，乃在今巴士站（SKMK）斜對面勝和號和協榮號的兩層板屋內（即今A&W和統一百貨公司）添設女子部，名為育德女校，校長為許抱冰女士。自此，育德男女分校上課。
育德和欲正分立，固然便于學生上課，然而，亦增加了華社的經濟上的負擔。以及人力不能集中等種種弊端。因此，為使本州的華文教育獲得迅速的發展，以適應社會的實際需求，若能將二校之軟、硬體資源集中，則更有利于民族教育大業的推展。因此，二校合並，實為良策。1926 年，育德學校總理方侯端在征得該校董事會的贊同后，再偕同董事黃霖醫生造訪欲正學校的黃玉齋，成功獲得黃玉齋及欲正其他董事之同意將育德和欲正二校合並。
合並之建議談妥后，二校暫時仍在原校址上課，惟取「君子務本」之意，將校名改為「中華務本學校」，育德女校則改名為「務本女校」，當時女校的校長為林芳蘭女士，學生有約三十人。
接著是物色新校地，為方便學生上學，乃選擇二校之間的適中地點購地建校。1927年03月03日，葉鴻儀與黃霖醫生代表學校以五千五百元向 Tengku Chik Penambang Bin Raja Muda 購得 Jalan Atas Banggol 一段面積 4.768 英畝之地皮(即現有中華國中及華小校址)，校地問題遂獲得解決。緊接下來即選舉黃霖醫生為建校主任，積極展開籌建新校舍工作。由于得到華人社會的踴躍捐輸，加上務本女校為響應建校壯舉而于是年假蘇丹娜戲院演劇籌款，建校工程得以順利進行。
1927年12月新校舍終于落成了。翌年初，育德、欲正連同女校遷入了這所累積和充滿了華人血汗與期望的新校舍上課。遷入新校舍初期，男女生分開授課，不久則合班上課。事實証明，二校的合並是正確的。由于人力、財力與行政管理上的集中，合並后的中華務本學校校務得到了迅速的發展，學生增至二百多人，再得到胥書昶校長和正副總理楊紅霞、方候端等人的努力策劃，辦學成績斐然。
1932年09月間因為學生黃昆福作文用詞尖銳，指英殖民者為實行政治侵略與經濟剝削的蚊虫與臭虫，觸怒了英國殖民政府，結果胥校長及全體教員，在被逮捕入獄一周后複遭遣送出境。中華務本學校也由于這次的文字獄事件而被殖民政府關閉。這是本校的第一次關閉，距離遷校只有短短的五年時間，對本州華人社會而言，這無疑是個沉重的打擊。
盡管遭受到如此沉重而無情的打擊，先賢們秉持著前撲后繼的辦學精神，繼續為學校的再生盡心盡力。1933年初，李正岩等人眼看我族棟梁失學流落街頭，經日無所是事，于是決心再興學校，延續民族文化，遂呈請英國殖民政府準予複辦學校。經過再三的磋商，在政府必須更換校名和重新注冊為複辦前提的條件下，獲得準許複辦。
1933年06月間，為複辦而召開的僑眾大會。會上通過將「中華務本學校」改名為「中華學校」，同時也推舉李正岩、鄭奕江與馮清壽三位負責向政府辦理重新注冊手續。至此，學校終于獲得重生，成功複辦。
1933年07月20日，學校複課，由孫一同出掌校政，另聘五位教員。然而，多災多難的中華學校由于經濟不景，商家的貨捐已不可能收取，只靠熱心人士的月捐、商會的教育輔助金和學生的學費來維持。學校的經濟來源頓時陷入困境。李正岩主席和財政許春謀雖然費盡心思，為學校的經費絞盡腦汁，學校的開支仍然入不敷出。
一所學校的發展，除了要有不屈不撓的辦學精神外，還要有物質或金錢上的支持。為了延續華文教育的命脈，解決財政上的困境，學校乃于1934年03月間舉行演劇籌款，在經濟不景氣籠罩著商場的當時，尚能籌得二千余元，可見華人對中華學校的鼎力支持與殷切的期望。學校當時的學生總人數又恢複到二百多人。
1934年，學校作大膽嘗試，為以后增辦中學作準備而創設中學一年級預備班，除接受本校小學畢業生外，同時也接受他校轉來本校升學的學生。這項眼光遠大的嘗試終于被証明是正確的。在中學一年級預備班修完課程的學生，在1935年投考檳城的鐘靈中學，取得了全部被錄取的輝煌成績；其中成績優異者，更被安排直接插入初中二年級就讀。這是本校小學程度被肯定的一個重要考驗，也是本校辦學成功的一個明証。
1935年夏，董事部與贊助人因財務問題而發生爭吵，結果導致董事與教職員先后全體辭職，學校再一次停辦。這是本校的第二次停辦，距上一次停辦只不過是短短的兩年時間。令人痛心的是這一次的停辦完全是因為學校內部意見沖突而致使的，誠為吉蘭丹華社的一大損失。
发展时期
1935年11月15日，當時擔任華僑銀行哥打巴汝分行經理的馬奇傑為複興學校，在中華商會發起召開僑眾大會。從響應號召而出席大會的踴躍人數看來，華社仍然心系中華學校，關心民族教育的前景發展。當天的大會推舉黃玉齋為大會主席，並選舉馬奇傑、李正岩、鄭奕江、黃逸民、葉曇醫生等五人為複興籌備委員，全權負責學校的複興事宜。除此之外，這個由馬奇傑擔任主席的複興委員會也負起聘請校長、物色教師、修改章程等事宜。籌委會隨后聘余壽浩為校長。
余壽浩校長于12月30日到學校視事，新聘的五位教師隨后也相繼到校。緊接下來的工作就是重新修葺校舍，招收學生。並且向社會人士籌募特別捐。準備就諸后，學校在1936年1月20日舉行複興開學儀式，到來觀禮的人士包括有全體複興委員、教師和學生共一百六十余名。學校在22日正式上課。這是中華學校的第二次複辦。
學校複辦后，複辦籌委會主席馬奇傑和余壽浩校長鑒于本州華教界的各自為政，鮮有聯系，于是聯合發起了丹州各華校聯席會議，以討論統一教科書和學歷問題，州內各校對此號召都表贊同。05月17日及31日，全丹華校聯席會議分兩次在本校舉行，會上通過了統一教科書和學歷，同時決定以后每半年舉行一次會議（隨后在1939年起改為每年11月11日集會一次）參與這次全丹華校聯席會議的除了本校外，還有吉賴育才學校、道北育智學校、答眉崇德學校、巴西馬育英學校和丹那美拉育正學校。沒有出席會議而于會后來函表示支持者有巴西富地開智學校和東馬岸培正學校。在會議第一次召開時，丹州教育司摩希丁曾親自列席。這項由本校發起、得到州內各華校支持的會議，在丹州華教史上確實具有深長的意義，也可說是本州華教界大團結的空前創舉。
由于情勢所需，複興委員會在1936年中將本校章程修改並定名為「財務委員會章程」。根據新章程，財務委員專職于財政上的策劃和籌措，校長則除主持校政外，兼任經理，以及負責向政府注冊。1936年05月22日，贊助人大會通過了「財務委員會章程」，06月07日大會正式選出馬奇傑、李正岩、鄭奕江、黃逸民、葉曇醫生為財務委員。
1936年06月01日，丹州教育司摩希丁到校視察，對于本校在辦學方面的表現深表滿意；惟對本校的教室數目、光線和空氣等問題提出建議，認為在固有的硬體條件下不適宜容納二百零四名學生，並特此來函敦促本校注意和改善。同年10月04日，丹州衛生局長和市政局長一同到校來測量教室的容積。本校經多方面督促，隨后于10月13日召開財務委員會議，會上議決向外籌款增建一座兩層樓新教室。
10月25日，財務委員會發出籌款宣言。11月06日第一次出發募捐，首先得到黃玉齋認捐五百元，繼而得到社會熱心人士的踴躍捐輸，反應熱烈，成績可觀。所有籌得之義款，悉數以本校建築基金名義存入哥打巴汝華僑銀行。
1937年09月21日，增建教室工作剛展開不久，州衛生局長再次到校視察，認為本校衛生設備欠佳，有待改善，乃建議本校另建男女廁所。10月09日，丹州教育局長也到校來視察，再次指出本校學生過于擁擠的問題，雖然學校當局正在籌備新教室工程，然而教育局長認為在新教室未完成之前，應設法紓解當前的學生擁擠問題。于是財務委員會決定在新教室未完成之前以四百元添造一所女廁，再以二百元添建一座亞答教室，以解燃眉之急。
1938年春，女廁和亞答教室完成。亞答教室暫時容納過剩的學生。當時本校學生總數已達三百余名，且尚有新生陸續到來，也因此更加顯得增建新教室的迫切性，認為實有早日動工，早日完成的必要。
1937年底，新教室藍圖獲政府批準。1938年01月招標，02月15日開標，建築工程由源安火鋸公司以一萬零三百元標得。03月01日財務委員會與承包商簽訂合約，新教室的建築工程正式開始。
基于第一次所籌的款項不敷應用，財務委員會乃于02月18日發動第二次勸捐。首先得到馮清緣加捐八百元，連同之前所捐共計一千元，又得到黃玉齋夫人及各熱心人士的熱烈響應，估計兩次的籌款，共籌得九千余元，離開所需要的款項總數，已相差無幾。
1938年06月10日，財務委員會改選。選舉結果，原任財委全體蟬聯，使得本校的複興計劃和建築工程能順利的進行，圓滿的完成。
08月，由于添造女廁和亞答教室，加上物價節節上漲，建築材料的價格也相應的增高，致使早先籌得的義款已不敷應用。為使新教室早日完成，造福學子，財務委員會乃決定演劇籌款。當時適逢泉州金寶春劇班前來丹州表演，在征得該班的同意后，于08月28日、29日報效演劇兩晚，所籌得的義款，悉數充作本校建築新教室之需。除此之外，本校也得到華英戲院主人慷慨應允免費借用戲院兩晚，以作為演出地點。結果兩晚的演出，共籌得一千六百余元，得以補建築費之不敷而有余。此舉充分表現和証明了丹州華社對本校的關愛，這股支持力量也是本校在往后的日子裡得以繼續壯大的精神源泉。
幾經艱辛，在丹州華社的全力支援下，1938年11月，兩層樓新教室工程經已完成，計樓上四間課室，樓下一間教室兼作禮堂之用。總共可容納兩百余名學生。新教室于1939年01月16日開學時正式啟用，當時本校學生已增加到三百八十余名，全校共有九間教室，分十二班上課。校長連同教師共有十一人，是本校創校以來的一個新記錄，也為本校在往后的發展提供了穩固的基礎。
1939年春，財務委員會基于新教室工程已全部竣工，而學校之有今日之巍峨校舍，學子能在舒適安定的環境中求學，這全仰仗丹州熱心民族教育人士在過去的二十年裡不間斷的支持。為了褒揚先賢們在辦學方面所作出的貢獻，財務委員會于03月25日及04月21日分別招開了贊助人大會，會上議決修改本校章程，以增添名譽校董及校產信托人兩節。同時也通過了學生執紼條例，藉以彰顯先賢，鼓勵后進。章程修改后，根據新章程當場選出黃玉齋、葉鴻儀、方侯端、楊紅霞、馮清緣為名譽校董，后來再通過推舉陳明進為名譽校董。同時推舉李正岩，葉鴻儀為校產信托人。
1939年10月10日，學校在慶祝雙十國慶的同時舉行了新教室落成典禮，敦請名譽校董黃玉齋為新教室的落成主持剪采。當天，素來支持和愛護本校，關心本校發展的熱心人士也到校來惠贈賀儀及校具，場面熱鬧感人，再一次印証了華社對本校的發展所作出的無私的努力。當時本校學生剛滿四百人，正進入一個新的紀元。同一天也出版了“新教室落成紀念刊”，編纂校史，將先賢們在過去的20年裡對本校所作出的積極貢獻給予肯定、褒揚。
11月，由于余校長處理校務不當，引發了本校史無前例的“學生罷課”事件。之后，余校長在校外又遭人狙擊，此二事的相繼發生，震驚了董事會和丹州華社，一度使校務幾乎陷于癱瘓。
1939年，馬奇傑被所服務的華僑銀行調往居鑾任職，不得已離開本州，實為本州華教界的一大損失。1939年杪，由當時的樹膠公會會長及「吉蘭丹華僑籌賑祖國難民委員會」主席邱瑞珍召集坡眾討論改選董事會，重整校務事。會上公推邱氏出任董事主席職，同時聘蘇宜堅出任校長，朱文峰為教務主任。為避免1939年底的不愉快事件的再發生，學校乃于現拿督巴迪路（JalanDatoPati，今大新茶餐室）設立中華學校女子分校，洪文素為主任。男女師生分開在兩校上課，例常性集會和重要活動才在一起。
日据时期
1941年12月08日，太平洋戰爭爆發，日本發動對東南亞的侵略戰爭，兵分三路從吉蘭丹，霹靂和吉打攻占我國。吉蘭丹首當其沖。自日軍登陸后，哥打巴汝、馬樟和吉賴等地先后淪陷。本校亦隨著戰事的爆發而停辦。是為本校史上的第三次停辦。
日軍入侵丹州當天，本校董事主席邱瑞珍到學校召集所有的師生，然后帶領他們朝登龍(Tendong)對岸的難民區逃亡。在難民區逗留了兩天后，12月11日，邱瑞珍主席再帶領師生乘船到登龍，之后再逃往巴西馬的巴西巴力華人村，把師生分散寄居于村民家裡。繼而托人將華裔泰國學生送返泰國，同時協助教師回返各自的家鄉。
駐扎在丹州的日本憲兵，在入侵后不久即對州內華人─尤其是籌賑會會員─展開雷厲風行的大逮捕行動。邱瑞珍主席因兼任籌賑會主席之故，自然被日軍通緝。1942年03月初因要籌措經費以解決教師們生活之需，冒著生命的危險喬裝成巫人前往哥打巴汝向財政李正岩商借款額，不幸行蹤敗露，被日軍逮捕拘禁。因誓死不屈，乃于1942年03月間在哇卡仄耶（WakafCheYeh）的椰園裡就義，享年僅39歲。
1943年，泰國軍隊繼日軍之后進駐本校校園，對校內一切設備，極盡破壞之能事，丹州華社多年來集體建構的民族基業就此被毀于一旦。
亂世之中，民不聊生，自不在話下。為使子女在戰時亦能受教育，1943年年底華社乃要求日軍允許複辦學校。日軍和泰方行政部同意學校複辦，惟不得以中華為校名，須易名為哥打巴汝學校，上課地點也改在中華商會，學生必須學習日語和泰語。除此之外，日軍也保有對課本的審查權。
1944年，校方要求泰方行政部將泰國軍隊撤出本校校園，經泰方答應后，哥打巴汝學校遂由中華商會遷回中華校園上課，直到戰爭結束。
1945年08月16日，日本無條件投降，馬來亞光複。在三年八個月的淪陷歲月裡，我國華人所受的生命和財產之損失，自勿庸置疑，亦無法估計。而本校的四百名學生在戰亂之中失學的痛苦和時間的浪費，這種種的苦難，無論在我國歷史上，抑或在本校校史上，都寫下了血腥、慘痛和無可補償的一頁。
戰后的我國社會，百廢待舉。對丹州華社而言，學校的複辦，更為迫切。本州文化界聯合會，目睹失學兒童長期流浪街頭，無所是事，前途堪慮，故于09月召開僑眾會議，討論學校複辦事宜。會后由李友實、陳奕圖等人積極奔走，呼吁重組董事會，幾經波折，方才克服各種困難組成董事會。結果選出施成燦為董事主席，李友實、陳奕圖、楊信夫、黃卓田、李子坡等為董事。同時聘徐知經為校長。
建设时期
1948年，本校創辦初中，首批初一學生三十余名。不幸的，董教內部因國共斗爭而產生對抗，導致08月間董事會決定停辦初中，部分教師被英政府扣留及驅逐回中國或被迫離職。初一班也因此于08月間停辦。誠屬可惜。
1949年董事部改選，楊駿勛當選為董事主席。當時學校人數驟然增加，致使原有之校舍不敷應用，乃暫設分校于中正夜學校址。另一方面，自上回的董事會改選后，學校一直為內部的派系斗爭所困擾。有鑒于董事會的不穩定，同年底乃有董事會之改組，洪楷成被贊助人推舉為1950年度董事主席，劉欽池任副主席，同時亦選出其它董事，計有晉興號、順昌有限公司、慶美公司、祥安金鋪、符茲美、建春和、南益樹膠有限公司等。而徐知經校長隨后亦辭職。董事會登報聘請校長，后經議決聘請李漢臣（夢萍）為校長。1950年春，李漢臣校長到校就任。董事會決定複辦初中部。于是刷新校舍，重開初中一班。當時中小學學生合計有一千多人，教職員也增至三十余位，為了解決教室不足的問題，于是在1951年添建四間亞答教室，之后再添建一間，以應急需。
1952年董事會改選，劉欽池獲選為董事主席，李增泰任副主席，財政順昌有限公司，其他董事有建春和、南益樹膠有限公司、中美公司、符茲美、黃錦聰、蔡尤榮等。然劉主席以年老體弱為由，多次向董事會呈辭，董事會均予挽留，惟同意由副主席李增泰代為執行職務。
1952年底，李漢臣校長另有高就而辭職。經登報征聘后，董事會決定聘請倪枝瑞出任校長。
1953年春，倪枝瑞正式就任校長職，甫上任就積極的整頓校務。同時，在這一年，教育局批準本校小學部成為薪津製學校。
02月06日，董事會為增建校舍事宜而召開贊助人大會，會議通過組成增建校舍委員會，由馬奇傑出任增建校舍委員會主席，李東碧任副主席，財政陳書香，委員有李增泰，符茲美，黃錦聰，李榮寬，曾榮水，劉欽池等六人，同時擬定捐款獎勵辦法。
會議后，建委會旋于02月19日召開第一次委員會議，討論建校事宜。02月26日發出籌款宣言，隨后分兩次向外勸捐。在社會各界人士的熱烈支持下總共籌得十一萬五千五百二十七元七角。
1954年04月，一座兩層、含十四間鋼骨水泥教室的新校舍終告完工，隨即開始啟用，學校恢複全日製上課。
新教室竣工后，建委會主席馬奇傑因勞苦功高，當選為董事主席，副主席李增泰，財政李東碧，其他董事有李榮寬、曾榮水、吳邦泉、符茲美、黃錦聰、陳功敘等。
07月20日，新任丹州教育局長鍾斯（Jones）連同英國駐丹州顧問官赫德裡（Headly）夫婦蒞校視察，對此巍峨校舍，深感滿意。
1955年04月，董事會向巫人地主購得本校校舍背后右方凹進的一段土地，使校地成為長方形，以供日后擴充或增建校舍之用。隨后再圍籬柵，俾分內外。
本校之有如此發展，全仰賴馬奇傑主席與建校委員以及熱愛民族教育之社會人士的大力支持，彼等對本校之貢獻，功不可沒。為表彰彼等之勞苦功高，本校乃設立一個由倪枝瑞校長為主編的建校特刊編輯委員會，于同年出版《增建校舍特刊》，以志不忘，並資鼓勵。
本校自興建新校舍以后，雖然已具規模，成為州內發展迅速的華校，但校內之教學設備，尚有欠完整，尤其以科學館、圖書館、食堂以及教師宿舍之增建最為迫切。惟因財力有限，無法同時進行多項建設，只有視需要之急緩，順序擴充。
首先是科學館之建設計劃。為響應本校建科學館計劃，丹州中華體育會于1955年趁南洋商報籃球隊巡回全馬到丹州時，征得該隊同意，主辦籃球義賽籌募科學館建築基金。籌款結果得九千五百五十元，中華體育會在本校科學館的建設方面確實功不可沒。
1957年08月04日，本校食堂工程開標，結果源安火鋸公司以兩萬九千三百元得標。計劃中工程告竣后，樓下作為食堂，樓上則分辟為兩間教室。
本校雖于1948年即創設初中部，然當時本州尚無高中之設立。家境富裕的初中畢業生尚可到外地升學，家境貧寒的學生只好舍學就業。董事會有鑒于此，為使更多本州學子能繼續學業，乃向當時的我國教育部長佐哈勵請求給予開辦高中部。幾經磋商，終于獲得教育部批準，遂于1957年初添設高中部。至此，本校成為州內第一所擁有小學、初中和高中的華校，邁向一個新的學術裡程碑。
1957年11月，董事會選舉第八屆董事，12月複選，馬奇傑當選主席，李增泰為副主席，財政李東碧，董事有黃錦聰、葉寶銜、符茲美、葉樂齡、黃浦珍、黃昆福、陳辛壬、符昭雄、洪文通、辛祖民、邱中鶚、蔡尤榮、郭銅釗等。會后，李增泰辭卻副主席職，其遺缺經董事會改選由葉樂齡遞補。
1958年初，董事主席馬奇傑三度堅辭主席職，董事會挽留不果，乃于05月29日召開董事會，會上公推對本校高中部之設立貢獻殊大的董事黃昆福為主席，並請馬奇傑留任董事。
1958年董事會積極策劃興建科學館和圖書館事宜，整個興建計劃約需七萬余元，董事會于是組織了建館基金募捐委員會，分「舊巴剎區」和「新巴剎區」進行。舊巴剎區由主席黃昆福為召集人，委員計有辛祖民、符昭雄、陳辛壬等；新巴剎區由副主席葉樂齡為召集人，委員有洪文通、郭銅釗、邱中鶚等。籌款活動隨即獲得社會人士的慷慨捐輸，成績可觀，加上1955年中華體育會為籌募本校科學館建築基金主辦籃球義賽，所籌獲的九千五百五十元，連同四年的銀行利息，總數已超過一萬元，如今提出來撥入建築基金，助力委實不小。
擬議中的科學館和圖書館原本是一座兩層半之建築物，后來在頂層加蓋屋頂，遂成三層。建館工程最后由高樹林以最低價標得。
同年，黃主席當選為吉蘭丹華校董教聯合會理事長，與校長倪枝瑞同被委派分別代表丹州董教聯合會和本校赴怡保出席于09月20日和21日由馬華公會華文教育委員會召開的「全國華文小學和華文中學代表會議」，商討當時全國矚目的華文教育問題。
1959年07月，我國舉行全國普選，董事主席黃昆福當選為丹州議會萬臘喜禮區州議員。由于政務工作繁重，惟恐有疏忽于校政、辜負董事主席之任，黃主席乃于是年底董事會改選時，婉拒提名1960年度主席職。結果董事會公推葉樂齡為新屆董事主席，黃昆福為副主席，財政郭銅釗，董事計有葉寶銜、馬奇傑、葉貽忠、王振玉、洪文通、符昭雄、黃思漢、李東碧、馬汝勤、陳辛任、郭錦泉、邱中鶚、黃錦聰、蔣禮謙等人。
1959年終，科學館、圖書館工程告竣，同時鑒于小學和中學部事務日漸擴大，學生人數亦逐年增加，乃決定兩校行政分立。周貽吉出任小學部主任，倪枝瑞任中學校長。
1960年09月21日校慶紀念日，中小學舉行聯合懇親游藝會暨成績展覽會，同時特別邀請得丹州教育局長麥加墨士基（ J.A. Mc Cumiskey ）前來為科學館、圖書館的開幕典禮主持剪采。教育局長對該座建築物及其內部設備乃至于中華學校的發展均甚感滿意，並稱譽本校─中華中小學校─為我國東海岸設備最完善的最高學府。
1960年，中學部倪枝瑞校長辭職，董事會登報聘請新校長。來函應征者頗多，經遴選委員鄭重考慮，仔細挑選，初步選出數人，后再由董事主席分別面洽。惟此項工作頗費時間，而學校不能一日無人長校、處理校務。于是在1961年初開學時，董事會暫時委任三名教師組成行政委員會處理校務，由黃金才任行政委員會主任兼代校長。之后董事會選聘丁嘉樹為校長，黃木金則為副校長。丁校長于04月01日到校視事。
改制时期
1960年08月，聯合邦立法議會通過《達立教育報告書》，並于1961年10月通過一項接納其建議的《1961年教育法令》。在這種情況下，華文中學只有兩種選擇，一是接受政府政策，以換取全面津貼，一是放棄一切津貼，保留其獨立性。政府當局軟硬兼施，采取各種方法，勸導逼迫華校改製為國民型學校。本校處于這民族教育存亡之際，對于接受津貼或自費辦理獨立中學的問題異常重視，教育部亦多次催促本校從速決定。惟此事關系到民族教育事業的存亡，無法草率定奪，經召開會議，決定不接受改製。
基于唯恐華校在改製后，民族教育事業受威脅，我們華社對于政府的號召大多采取觀望態度。最后，教育部長宣布，政府體會到許多學生必須面對過渡時期的困擾，華校因此可享有特權，改製后，可以另行注冊私立部分。這種集勸誘、施壓和妥協于一爐的手法，果然有效地改變了許多學校的原有態度。雖然董教總于1961年曾呼吁各華校保持自立更生的意志，教總主席林連玉更因反對改製而被褫奪公民權，但大部份華校仍然接受政府的改製政策，馬來亞華教運動遂再次遭受浩劫。
處于這種改製的洪流之中，1962年06月，本校董事會議決接受政府全面津貼而成為國民型中學。
1963年01月，由于接受改製而產生了中華國民型中學，另一方面，董事會保留民辦獨中之形式傳承華文中等教育，繼續保留本校自創校以來的民間辦學精神。至此，學校一分為二，本校易名為中華獨立中學。
《1961年教育法令》實施后，華文小學雖得以保留在國家教育體製內，學生也享有免費教育的權利，然而在華校學生的特別考試廢除后，政府會考成了學生接受大專教育、師范學院訓練及任職公共部門的唯一渠道。
在60年代末期，這種形勢和社會經濟的變動，開始對獨中產生影響。起初，獨中的新生來源是相當穩定的，因為在小學升中學會考中，只有30%的小學畢業生有機會升上國民型或國民中學。然而，隨著這項會考于1964年被廢止后，所有小學生，包括華校生，都享有自動升上國民型中學或國民中學的權利。所以1965年后，獨中學生入學人數劇降，以致其中一部分獨中無法熬過艱難期而必須關閉。
60年代成了我國華文教育運動史上的衰退時期，在這段憂患期，本校初期有三百多名學生，聘李啟智為首任獨中校長。
1966年起，為求生存，除了普通科和逐年將課本轉換成英文本外，本校還開辦商科班及夜學班，教授會計、商業概論、簿記、打字等科，由周金缽擔任主任。為充實商科班之設備，董事會通過委任洪文通、黃初華、林日經三人為小組委員，負責向熱心民族教育人士或商家勸募報效打字機，結果獲得各界報效卅四架輕便型打字機。
1967年底，李啟智校長辭職，董事會改聘周金缽繼任校長職，但周氏在擔任校長后一年即呈辭返鄉，其空缺由陳傳弼于1969年初填補。
由于國民型中學的會考落第生漸少，轉入本校就讀的學生也相應劇減，到了1970年，本校只剩下一百卅七名學生，計高三有九人，高二有卅三人，高一有二十人，高一商科有廿八人，其中40%為馬來學生。
1971年，董事主席葉樂齡辭職。董事會挽留不果，決定由副董事長黃昆福任代主席至06月底董事會改選為止。與此同時，董事會以葉董事長在任內熱心教育，對本校功勞不可抹煞，乃向贊助人大會推荐為名譽董事長。
1971年07月01日，董事會改選，黃初華出任新屆董事會主席。
1972年，中华独中由于師資問題及學生人數逐年減少，商科班及夜學班被迫停辦。
根據調查與分析，本校學生人數逐年減少，其主要原因為︰在政府中學會考落第而轉讀本校之國民型或國民中學之學生，只是把本校當作跳板，一旦在留級重考成功后，又申請回到國民型中學繼續學業。其二是基于客觀環境因素，本校沒有開設初中課程，絕大部份小學畢業生都升上國民型中學，嚴重的影響了本校的學生來源。
1975年，中华独中陳傳弼校長另謀高就，辭卸校長職，董事會另聘鄭金海出任校長職。
1976年到1979年間，中华独中剩一百余名學生。1980年，鄭金海校長辭職，時本校學生僅有八十五人。
1981年，中华独中董事會調升黃喜貴為代校長，學生剩六十四人。
1982年，中华独中學生只剩下八十六名。11月11日董事會召開贊助人大會，為學校之應否繼續存在或改變辦學方針而尋求解決方法。11月14日，贊助人大通過改辦「輔導班」，以延續學校生命。11月28日，全國董教總一行人蒞訪本校，了解情況。
1983年，中华独中學生再減至四十九名。至此，本校實已到了生死存亡關頭。當本校因學生人數漸少，學校面對關閉厄運的消息出現在報章上后，再次引起全國董教總的關注，特派董總主席林晃升和教總副主席陸庭諭前來本校實地訪問以了解真相。也就在同一年，「輔導班」在開辦一年后宣告失敗。到了1984年，學校完全暫時停辦，是為本校史上的第五次停辦。此事再一次引起各界的關注。
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